El Centro de Software de Molinux, permite de forma gráfica y sencilla la instalación de programas. Es de destacar que para instalar o desinstalar aplicaciones desde esta aplicación es necesario tener permisos de administrador, por ello, cada vez que vaya a realizar alguna de estas acciones le solicitará la contraseña. Puede arrancar la aplicación de varias formas. Desde el menú Aplicaciones situado en la parte izquierda del panel superior, y posteriormente seleccionando "Centro de Software de Molinux".

Si prefiere arrancar la aplicación desde la línea de órdenes, abra una terminal, escriba software-center y pulse Intro