Pidgin permite personalizar muchos aspectos del programa, tales como la apariencia de la interfaz, indicar una conexión específica, modificar el tiempo y el mensaje de ausencia, así como añadir diversos complementos al programa.
Interfaz: permite modificar opciones de la interfaz
Conversaciones: permite modificar opciones de la ventana Conversaciones, el formato del texto de los mensajes salientes, atajos de teclado, así como añadir temas de emoticonos para utilizarlos en los mensajes.
Temas de emoticonos: permite modificar el tema de los emoticonos.
Sonidos: permite indicar sonidos para determinados eventos como cuando se conecta un amigo, cuando se recibe un mensaje, etc.
Red: permite definir cómo se conecta Pidgin a la red.
Registro: permite indicar que se guarde un registro (log) de determinadas acciones y eventos que se produzcan.
Estado/Inactivo: permite definir las acciones y los mensajes que se mostrarán cuando el usuario esté ausente. También definir el tiempo de inactividad que determina si se está ausente o no.