Esta primera pantalla que se presenta al usuario es el menú del gestor de arranque GNU GRUB (Grand Unified Bootloader). Este programa es el que permite la selección del sistema operativo a arrancar en el ordenador.
Después de seleccionar el sistema operativo Molinux aparece una pantalla gráfica de conexión del usuario al sistema. En este punto el usuario debe introducir su nombre de usuario y su contraseña. Si ambos son correctos, es decir, si el nombre de usuario existe en el sistema y la contraseña dada es la correcta, el usuario entra en el sistema visualizando su escritorio personal.
Es importante tener en cuenta que el usuario administrador root no debe iniciar nunca una sesión desde el entorno gráfico. Por seguridad, se recomienda efectuar las tareas administrativas desde una terminal de texto utilizando la orden sudo en el momento necesario (también existe la orden gksudo, que ofrece un entorno gráfico para sudo). Si se tiene una consola como root, ejecutar la orden exit una vez terminada la acción administrativa, para así cerrar la consola.
Desde el escritorio gráfico se puede lanzar una terminal de texto desde la cual se pueden ejecutar órdenes para el intérprete de órdenes.
Para abrir una terminal de texto seleccionar: → → .
Para salir de la terminal pulsar sobre la X de la esquina superior derecha de la ventana de la terminal, ejecutar la orden exit o pulsar la combinación de teclas Ctrl+d.